В июне 1992 года противники исламистов под руководством Сангака Сафарова подняли мятеж в Кулябе. Противостояние вылилось в межэтнический конфликт и гражданскую войну (1992—1997) между секуляристами — сторонниками светского государства (кланы Ходжента и Хатлона) и уникальной в своем роде коалиции исламистов (выходцы из районов Гарма) и демократов (Горного Бадахшана). 27 сентября секуляристы захватили Курган-Тюбе. Кулябские мятежники реорганизовались в отряды Народного Фронта. Их поддержали ходжентские кланы на севере, а также Узбекистан и Россия, ибо исламизация Таджикистана грозила нарушением геополитического баланса и активизацией исламистов внутри этих стран.
24 октября 1992 года — первая попытка штурма Душанбе. Во главе мятежников стал сподвижник Сафарова Эмомали Рахмонов. В декабре 1992 года мятежники без боя заняли столицу. Во главе нового правительства стал Эмомали Рахмонов. Исламисты были вытеснены на восток страны и в соседний Афганистан. На фоне усиления власти талибов в Афганистане 27 июня 1997 года было заключено перемирие между правительством Рахмонова и исламской оппозицией. Исламисты влились в государственные структуры, включая парламент и армию.
Досадно что многие чиновники и депутаты попожополизы в РФ забывают с каким трудом многие государства борются за то чтоб они были светскими.